东大遗传统计学博士在读,本站于2020年5月创建,闲置快一年后,创作欲爆棚,开始积极更新,主要用来记录生物信息学,群体遗传学,特别是GWAS相关内容的学习心得,偶尔也会分享一些常用编程的小技巧。
Github主页 https://github.com/Cloufield :

gwaslab:一个用来处理GWAS数据分析中简单但繁琐的步骤的python包。(更新中)

CTGCatalog:一个存储统计遗传学常用资源的Catalog。(更新中)

GWASTutorial: 一个手把手GWAS分析的入门教程,从LINUX基础命令,到数据QC,关联检验,以及常用的Post-GWAS分析等。(更新中)
如果你觉得不错的话,欢迎收藏分享,有什么问题也可以直接给我留言,感谢!
我的知乎主页: https://www.zhihu.com/people/gwaslab
twitter: @He_Yunye


最后更新:2023/02/23
666666消灭0回复
赞赞
Just started my journey, thank you for making it easier!
赞赞
加油,分享也是更深层次的理解
赞赞
博主 我还在期待 ComplexTraitGenetics Tutorial 什么时候更新啊
赞赞
你好,感谢关注。已经基本写好了,但是目前还没有公开,还在实验室内部测试,等测试完了应该就可以公开。
赞赞
请问如何转载文章到微信公众号呢
赞赞
你好,标注一下gwaslab链接就行
赞赞
您好,请教您一个问题,我在用plink的–indep-pairwise进行LD-prune的过程中,得到了.prune.in的结果文件,然后再对.prune.in的SNPs进行LD-prune后,发现又有很多变异被去除了,请问这种情况是什么原因呢?
赞赞
您好,这可能与plink的indep-pairwise的算法有关,plink基于一个固定SNP个数的滑动窗口来计算局部rsq的,没有考虑距离距离较长SNP的LD. 可以试试加大窗口大小到500 或 1000。
赞赞