关于 – About GWASLab

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学校门口的樱花树,春风吹过,樱花瓣慢慢飘落

最后更新:2023/02/23

《关于 – About GWASLab》有9个想法

  1. 您好,请教您一个问题,我在用plink的–indep-pairwise进行LD-prune的过程中,得到了.prune.in的结果文件,然后再对.prune.in的SNPs进行LD-prune后,发现又有很多变异被去除了,请问这种情况是什么原因呢?

    1. 您好,这可能与plink的indep-pairwise的算法有关,plink基于一个固定SNP个数的滑动窗口来计算局部rsq的,没有考虑距离距离较长SNP的LD. 可以试试加大窗口大小到500 或 1000。

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