SAIGE

关键词：saige，GLMM，case-control imbalance

一句话解释：SAIGE是一种针对二分类表型（binary phenotype）能够调整样本对照不平衡（case-control imbalance）与隐性关联（cryptic relatedness）的检验方法。

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saige 与 bolt-lmm 或 regenie 类似，都需要两个步骤。saige使用的是GLMM模型：

具体流程如下：

第一步（构建null模型）：利用 array genotype ，估计 null 逻辑斯蒂混合模型（GLMM）。

隐性关联由随机效应解释。

第二步（检验）：分数检验，并通过SPA调整。

saige方法之所以能调节 case-control不平衡 ，关键点就在于利用SPA对检验的调整。

SPA：

（未完待续）