本文简单介绍linux命令行中的参数扩展的部分内容。在实际生物信息学分析中，参数扩展是十分实用的小技巧。可以用来快速处理大量的重命名文件，获取文件路径，获取文件类型，替换文件文件夹的路径等等
参数扩展可以用于对字符串的操作，主要用途包括以下：
- 字符串大小写替换
- 字符串替换
- 字符串删减
- 字符串切片
- 字符串长度
Case modification 大小写转换
${PARAMETER^}： 第一个字母大写${PARAMETER^^}： 全部大写${PARAMETER,}： 第一个字母小写${PARAMETER,,}： 全部小写${PARAMETER~}：第一个字母大小写反转${PARAMETER~~}：全部大小写反转
# 转换大写
$ X="abc"
$ echo ${X^}
Abc
$ echo ${X^^}
ABC
# 转换小写
$ Y="ABC"
$ echo ${Y,}
aBC
$ echo ${Y,,}
abc
# 翻转大小写
$ echo ${X~}
Abc
$ echo ${X~~}
ABC
$ echo ${Y~~}
abc
$ echo ${Y~}
aBC
Substring replace 字符串替换
${PARAMETER/PATTERN/STRING}： 将第一个PATTERN替换为STRING${PARAMETER//PATTERN/STRING}： 将所有PATTERN替换为STRING${PARAMETER/PATTERN}：删除第一个PATTERN（将第一个PATTERN替换为nullstring）${PARAMETER//PATTERN}：删除将所有PATTERN
#从字符串开头开始匹配%从字符串末尾开始匹配
MYSTRING="xxxxxxxxxx"
echo ${MYSTRING/x/y}
yxxxxxxxxx
echo ${MYSTRING//x/y}
yyyyyyyyyy
echo ${MYSTRING/#x/y}
yxxxxxxxxx
echo ${MYSTRING/%x/y}
xxxxxxxxxy
echo ${MYSTRING//x/}
# is equivalent to
echo ${MYSTRING//x}
# change suffix for a file
MYSTRING="abc.txt"
echo ${MYSTRING/txt/md}
abc.md
# change prefix for a file
echo ${MYSTRING/abc/edf}
edf.txt
Substring removal 字符串删减
${PARAMETER#PATTERN}：删除第一个PATTERN${PARAMETER##PATTERN}：删除所有PATTERN${PARAMETER%PATTERN}：删除第一个PATTERN（从末尾开始）${PARAMETER%%PATTERN}：删除所有PATTERN（从末尾开始）
$ MYSTRING="This is a simple sentence with some simple words."
$ echo ${MYSTRING#*simple}
sentence with some simple words.
$ echo ${MYSTRING##*simple}
words.
$ echo ${MYSTRING%simple*}
This is a simple sentence with some
$ echo ${MYSTRING%%simple*}
This is a
$ Get name without extension
MYFILEPATH="/home/work/example.txt"
$ echo ${MYFILEPATH%.*}
/home/work/example
# Get extension
$ echo ${MYFILEPATH##*.}
txt
# Get directory name
echo ${MYFILEPATH%/*}
/home/work
# Get filename
$ echo ${MYFILEPATH##*/}
example.txt
String slicing 字符串切片
${PARAMETER:OFFSET}:OFFSET指从起始位置的偏倚${PARAMETER:OFFSET:LENGTH}:OFFSET指从起始位置的偏倚，可以为空，LENGTH则指偏移后截取的长度，负数则指截取到到末位前的长度。
a=myfile.txt.gz
echo $a
myfile.txt.gz
echo ${a::-3}
myfile.txt
echo ${a:2}
file.txt.gz
echo ${a:2:-3}
file.txt
String length 字符串长度
${#PARAMETER} ： 获取变量所指字符串的长度
$ MYSTRING="abcd"
$ echo ${#MYSTRING}
4
Indirection 间接指向
${!PARAMETER}`间接指向变量所指字符串所表示点变量
$ A=1
$ B="A"
$ echo $B
A
$ echo ${!B}
1
参考
https://wiki.bash-hackers.org/syntax/pe
https://www.gnu.org/software/bash/manual/html_node/Shell-Parameter-Expansion.html
GWASLab - GWAS实验室 